Carlo III era persona di grandi capacità organizzative, di larghe vedute amministrative e di spiccato intuito politico.
Quando la madre gli cedette, nel 1734, ogni diritto da lei vantato sul territorio italiano, Carlo si occupò subito delle isole, il cui regime giuridico subì una profonda modifica: non più oggetto di diritti feudali, esse divennero patrimonio privato del re di Napoli.
Furono i Borboni a promuovere il popolamento delle isole. Ciò si deve al primo dei Borboni di Napoli, Carlo III, la cui storia merita di essere rapidamente ricordata.
La svolta nella storia delle Isole Pontine avviene con l'infeudamento di Pier Luigi Farnese, capitano generale delle truppe pontificie, a opera del figlio cardinale Alessandro, nipote del papa Paolo III, anch'egli della famiglia Farnese.
Furono soprattutto le scorrerie a rendere deserte le isole: i saraceni a partire dal IX secolo, poi i mauri (come li chiamava in una Bolla del 1447 Sisto IV), infine i turchi.
All'isola Omero dette, forse il primo nome "eea", da eos, un nome dell'aurora. Dopo omero vennero altri leggendari, come Apollio, Strabone, e Virgilio che la chiamarono l'isola di Circe. Nel libro di Giovanni Boccaccio essa è vista come un porto dimenticato da tutti, perché distante dalla terraferma. Era considerata un posto dove gli abitanti erano pigri e si lasciavano affascinare dalle fanciulle.