All'isola Omero dette, forse il primo nome "eea", da eos, un nome dell'aurora. Dopo omero vennero altri leggendari, come Apollio, Strabone, e Virgilio che la chiamarono l'isola di Circe. Nel libro di Giovanni Boccaccio essa è vista come un porto dimenticato da tutti, perché distante dalla terraferma. Era considerata un posto dove gli abitanti erano pigri e si lasciavano affascinare dalle fanciulle.
Le leggende ci dicono che la maga circe trasformò gli uomini in animali e le donne in sirene, perché dovevano svolgere un determinato lavoro: attirare i navigatori per farli cadere in trappola. Circe per regnare da sola, uccise il marito e fuggì con il carro del sole nell'isola di Ponza. Omero racconta che Ponza era la dimora della maga Circe, la quale voleva trattenere Ulisse e la sua truppa. Era luogo di domicilio per quelli che avevano commesso reati contro lo stato, per le donne indesiderate e per i cristiani perseguitati. Molti secoli dopo divenne, per un periodo, luogo di penitenza per i nemici dei Borboni. Nel periodo fascista era diventata luogo di confino per alcuni uomini politici avversi al regime che era al potere. Vi dimorò anche Giulia, la figlia di Augusto, che, poi, fu portata in una villa di Ventotene, perché implicata nelle congiure contro la sua matrigna, Livia Drusilla. Tra i primi popoli che sbarcarono a Ponza si ricordano i Romani, i Sanniti, gli Etruschi, i Greci, gli Osci, gli Ausoni (o aurunci), i quali colonizzarono Ponza con il nome di "terra del sole e terra del lavoro". Nel 312 a.C., quando veniva chiamata "Pontia", era popolata dai Volsci. Essi sfruttarono le grotte naturali già esistenti e se ne costruirono altre in strati asciutti. L'isola si poteva considerare una base navale per fermare i commercianti stranieri. I popoli romani furono i primi a costruire i condotti d'acqua, i due acquedotti (l'uno dalla cisterna della Dragonara e l'altro da Cala d'Inferno fino a S. Antonio).Con un salto nel tempo si arriva nell'anno 350 d.C., quando nacquero i monaci benedettini. Molte volte l'isola fu presa di mira dai saraceni, prima nell'813, e più tardi, nell'845, anno in cui non si riuscì a fermare il loro attacco massiccio. Furono le repubbliche marinare di Amalfi e Gaeta a farli ritirare. L'isola attraversò un periodo infausto anche per i benedettini che non volevano più mettere piede nell'isola. Fu il duca di Gaeta a costruire monasteri ed a spingere i monaci a restare nell'isola. Essa era una meta da molti desiderata: molti volevano il dominio sull'isola e sul Tirreno. Quando la repubblica marinara di Genova si indebolì, Ponza fu conquistata dai pirati che avevano molti nascondigli nelle grotte naturali, che si trovavano a fior d'acqua ed erano comode per effettuare trasporti vari. Nel mare di Ponza il 24 giugno 1300 la flotta navale di Ruggero sconfisse la flotta navale di Corrado Doria. Nel 1400 le isole pontine passarono sotto il dominio della chiesa. Il 7 agosto 1435 Alfonso V d'Aragona, re di Sicilia, fu sconfitto nelle acque dell'isola e fu fatto prigioniero nella battaglia denominata "battaglia di Ponza". La battaglia durò 10 ore consecutive, durante la quale furono fatti prigionieri tutti gli abitanti di Ponza, che, ovviamente, si spopolò. Il nipote Ottavio tento' di ripopolare l'isola, prendendo famiglie provenienti da Parma. Anche Carlo III cerco' di ripopolare Ponza e Ventotene, ma questa volta con famiglie provenienti da Ischia e da Torre del Greco. Il 26 giugno 1875 Carlo Pisacane ed altri suoi patrioti sbarcarono a Ponza per liberare i detenuti. Il 25 luglio 1943 Ponza ospito' per 11 giorni Benito Mussolini. Prima ancora aveva ospitato anche molti detenuti politici, tra cui Sandro Pertini.