Carlo III era persona di grandi capacità organizzative, di larghe vedute amministrative e di spiccato intuito politico.
Quando la madre gli cedette, nel 1734, ogni diritto da lei vantato sul territorio italiano, Carlo si occupò subito delle isole, il cui regime giuridico subì una profonda modifica: non più oggetto di diritti feudali, esse divennero patrimonio privato del re di Napoli.
Questa condizione sarebbe stata rimossa definitivamente dalla rivoluzione bonapartista, durante il regno di Gioacchino Murat (1808-1815), che rese le isole beni demaniali.Carlo III progettò per le "sue" isole un destino di rinascita, affidandosi a un disegno strategico che puntava sul ripopolamento e sulla colonizzazione, nonché sulla creazione di strutture collettive. Il re cominciò con l'incoraggiare la trasformazione in residenza del pur limitato pendolarismo allora esistente (i pescatori delle coste peninsulari si recavano spesso nelle acque ponzesi e ventotenesi). Inoltre predispose una serie di condizioni di favore "sostanziale" per chi si fosse trasferito: il diritto a un pezzo di terra, a una casa, a sfruttare le risorse locali (bosco, caccia, pesca). Il re munì i coloni del necessario per iniziare la loro opera di stanziamento: arnesi, attrezzi agricoli, animali da allevare, semi per coltivare e, infine, un po’ di denaro e l'esenzione dalle tasse. Ma fu il figlio Ferdinando che completò e realizzò il progetto.Agli insediamenti spontanei si aggiunsero quelli pilotati: intere famiglie vennero convinte a trasferirsi, sicché dal 1734 al 1777 si compì il primo popolamento guidato, rinforzato anche dai nuclei provenienti dalle città disastrate dall'eruzione del Vesuvio nel 1771.Questo spiega perché Ponza e Ventotene abbiano una base culturale, un dialetto, usi che sono sostanzialmente della Campania e un'onomastica che è prevalentemente ischitana, procidana e torrese. I primi arrivati furono soprattutto agricoltori, perché poterono scegliere le terre migliori; i secondi furono soprattutto pescatori. Via via che il ripopolamento procedeva con risultati validi, malgrado la quantità di problemi e di sacrifici che i nuovi arrivati dovettero accollarsi, prendeva anche corpo il disegno urbanistico. L'opera iniziata da Carlo III fu, come si diceva, condotta a perfezionamento dal figlio Ferdinando (IV di Napoli, III di Sicilia, e I delle Due Sicilie), consolidata politicamente e giuridicamente durante la parentesi francese, e definitivamente acquisita dopo la restaurazione borbonica.E' dal 1857 la spedizione del patriota Carlo Pisacane, che s'impadronisce dell'isola di Ponza prima di sbarcare con poco più di trecento compagni, sulle coste di Sapri, dove la sua avventura avrebbe vissuto un tragico epilogo.Nel 1861 le isole furono annesse al nuovo stato unitario italiano.Il resto è storia recente e contemporanea.