La svolta nella storia delle Isole Pontine avviene con l'infeudamento di Pier Luigi Farnese, capitano generale delle truppe pontificie, a opera del figlio cardinale Alessandro, nipote del papa Paolo III, anch'egli della famiglia Farnese.
L'operazione si svolse in questo modo: Paolo III nominò Alessandro titolare dell'abbazia di Santa Maria di Ponza e Alessandro, forte di questo titolo e dei connessi privilegi, concesse al padre come feudo le isole, in cambio di una candela di cera bianca lavorata, da consegnargli annualmente. Questo avveniva nel 1542.La feudalità farnesiana non ottenne granché: furono riesumati i privilegi concessi da Sisto IV e rinnovati col nome di "privilegi farnesiani". Assicuravano piena e totale immunità agli isolani: essi non potevano "essere ricercati, arrestati o giudicati, ancorché i medesimi rei vi avessero consentito"; e sarebbe stato garantito asilo "per qualunque debitore, malfattore, inquisito, forgiudicato ecc.". Insomma, davvero una bella extraterritorialità.